پیش‌بینی برهمکنش بین ترکیبات موجود در بره‌موم زنبور عسل و بخش آنتی‌ژن حفاظت‌کننده موجود در سم سیاه زخم با استفاده از نرم‌افزارهای بیوانفورماتیک

نویسندگان

  • بخشی, مهین گروه بیماری‌های دهان فک و صورت، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی، تهران، ایران.
  • خزیمه, فائزه مرکز تحقیقات دندانپزشکی، گروه بیماری‌های دهان فک و صورت، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران.
  • دوست محمدی, محسن باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد خوراسگان، اصفهان، ایران.
  • محمدی, المیرا گروه بیوتکنولوژی دارویی، دانشکده‌ی داروسازی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، ایران.
  • گلستان‌نژاد, زهرا مرکز تحقیقات دندانپزشکی، گروه بیماری‌های دهان فک و صورت، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران.
  • گلستان‌نژاد, محمدرضا گروه ارتوپدی، بیمارستان عیسی ابن مریم، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران.
  • گوانجی, شاهین باشگاه پژوهشگران جوان و نخبگان، دانشگاه آزاد اسلامی، واحد خوراسگان، اصفهان، ایران.
  • یوسف شاهی, هژیر دانشجوی دندانپزشکی، کمیته پژوهش‌های دانشجویان، دانشکده دندانپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، اصفهان، ایران.
چکیده مقاله:

Background: Protective antigen of anthrax toxin, after touching the cell receptors, plays an important role in the pathogenesis of toxin. The purpose of this study was to investigate the interaction of anthrax toxin protective antigen and four great combination propolis included caffeic acid, benzyl caffeate, cinnamic acid and kaempferol using the softwares and bioinformatics web servers. Methods: Three-dimensional structure of protective antigen (receptor) obtains from Protein Data Bank (PDB). Four of the main components from propolis were selected          as ligand and their 3D-structures were obtained from ChemSpider and ZINC     compound database. The interaction of each ligand and receptor was assessed                   by SwissDock server (http://www.swissdock.ch/) and BSP-SLIM server (http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/BSP-SLIM). Docking results appears with Fullfitness numbers (in kcal/mol). Identification of amino acids involved in ligand and receptor interaction, was performed using the Chimera software; UCSF Chimera program (http://www.cgl.ucsf.edu/). Results: The results of interaction between propolis components and protective antigen by BSP-SLIM server showed that the most interaction was related with benzyl caffeate, caffeic acid, kaempferol and cinnamic acid, respectively. Results for the desired ligand Interaction with protective antigen genes using SwissDock server showed that the caffeic acid had ΔG equals -9.10 kcal/mol and FullFitness equal to -993.16 kcal/mol respectively. The analysis of interaction between ligands with amino-acids of protective antigen indicated that the interaction of Caffeic acid whit Glutamic acid 117 had energy -15.5429 kcal/mol. Conclusion: Finding strong and safe inhibitors for anthrax toxin is very useful method for inhibiting its toxicity to cell. In this study the binding ability of four flavonoids to protective antigen was studied. Glutamic acid 117 is very effective in protective antigen binding and cell receptor and subsequent in virulent of anthrax toxin. Effective interaction of caffeic acid in propolis and glutamic acid 117 can be as useful in preventing the toxic effect on cell. According to our results, all four flavonoids tested in this study have binding activity to protective antigen and are good choices for fighting against anthrax.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

پیش بینی برهمکنش بین ترکیبات موجود در بره موم زنبور عسل و بخش آنتی ژن حفاظت کننده موجود در سم سیاه زخم با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیک

زمینه و هدف: آنتی ژن حفاظت کننده از بخش های ساختاری در یکی در سم سیاه زخم می باشد و پس از تاثیر سم برگیرنده سلولی، نقش مهمی در بیماری زایی سم ایفا می کند. هدف از این مطالعه بررسی برهمکنش بیوانفورماتیکی آنتی ژن حفاظت کننده سیاه زخم و چهار ترکیب مهم موجود در بره موم زنبور عسل شامل کافئیک اسید، ﺑﻨﺰﯾﻞ کافئات، سینامیک اسید و کامپفرول با استفاده از نرم افزارها و وبگاه های بیوانفورماتیکی بود. روش بررس...

متن کامل

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

ترکیبات موجود در فرآورده‌های ضدآفتاب: اکسید روی

Although ultraviolet rays constitute a small portion of the sunlight, they are destructive on skin. Ultraviolet rays cause sunburn, skin damage and skin cancers. Sunscreens are one of the most widely used cosmetic products which protect skin from cancer or other damages. There are two categories of sunscreen agents: chemical and physical. Physical sunscreens containing zinc oxide work through t...

متن کامل

ترکیبات موجود در فرآورده‌های ضدآفتاب: دی‌اکسیدتیتانیوم (TiO2)

The use of sunscreens should also be recommended in order to work against all kind of ultarviolet (UV)-induced skin damage such as photoallergies, skin wrinkles, sunburn or even skin cancer. Sunscreens contain chemical filters (organic absorb regularly UVB radiation) and physical filters (e.g., TiO2 and ZnO). The second group has been said to reflect and scatter UVB and UVA radiation. TiO2 is ...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


عنوان ژورنال

دوره 74  شماره None

صفحات  715- 722

تاریخ انتشار 2017-01

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

کلمات کلیدی

کلمات کلیدی برای این مقاله ارائه نشده است

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023